Study of genetic diversity in oat accessions identified using of SSR markers

  • Munkhtuya Yarvaan Institute of Plant and Agricultural Sciences, Mongolian university of Life Sciences, Darkhan-Uul, Mongolia
  • Zhang Zongwen Institute of Plant and Crop Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences China, in Beijing, China
Keywords: Oat, genetic diversity, simple sequence repeat markers (SSR)

Abstract

Oat is an important cereal crop for the food and feed industries. Genetic resources of oat are the basic materials for sustainable breeding programs. Microsatellites (SSR) are a useful tool for understanding the genetic background of oat germplasm resources. We used 83 SSR primer pairs to assess the genetic diversity of 286 oat accessions from five countries. The results indicated the presence of considerable variation among accessions. The number of alleles per SSR locus ranged from 2 to 8, with an average of 3.49; allelic frequencies ranged from 0.002 to 0.709; Nei’s gene diversity was 0.67, ranging from 0.44 to 0.85; and polymorphism information content (PIC) values ranged from 0.37 to 0.83. Six groups were separated by cluster and structure analyses indicating the relationships between accessions with different origins.

Хошуу будааны генетикийн oлон янз байдлыг SSR маркер ашиглан тодорхойлсон судалгаа

Хошуу будаа (Avena L.) нь хүнс, тэжээл үйлдвэрлэлийн чухал үр тарианы таримал  юм. Хошуу будааны генетикийн олон янз байдал түүний селекцийг чанартай явуулах үндсэн гол чухал материал болдог. SSR маркер ашиглан хошуу будааны үр хөврөлийн (germplasm) олон янз байдал, түүний генетикийн үндэсийг тодорхойлж болдог. Бид судалгаандаа 83 хос SSR праймер ашиглан 5 өөр улсын 286 хошуу будааны дээжийн генетикийн олон янз байдлыг үнэлэн тогтоолоо. Судалгааны үр дүнгээс харвал дээжүүдийн хоорондын генетикийн ялгаа өндөр байв. SSR маркерын байршил дахь аллелийн тоо 2-8, дунджаар 3.49, харин тойргийн аллелийн давтамж 0.002-0.709, Nei-ийн төрөл зүйл 0.67 байсан бол тойрог нь 0.44-0.85, полиморфизмын мэдээллийн агуулга (PIC) 0.37-0.83 хооронд хэлбэлзэж байв. Зургаан бүлгийг кластер болон бүтцийн дүн шинжилгээгээр тусгаарласан бөгөөд өөр өөр гарал үүсэлтэй дээжүүдийн хоорондох хамаарлыг үзүүллээ.

 Түлхүүр үг: Хошуу будаа, генетикийн олон янз байдал, SSR маркер

Downloads

Download data is not yet available.
Abstract
24
pdf
33
Published
2020-04-30
How to Cite
Yarvaan, M., & Zongwen, Z. (2020). Study of genetic diversity in oat accessions identified using of SSR markers. Mongolian Journal of Agricultural Sciences, 29(1), 120-124. https://doi.org/10.5564/mjas.v29i1.1380
Section
Articles