Preliminary result of insulated isothermal PCR (IIPCR) for avian influenza surveillance

  • Nyamsuren Otgontogtokh School of Veterinary Medicine, Mongolian University of Life Sciences, Ulaanbaatar, Mongolia
  • Baljidmaa Batmunkh School of Veterinary Medicine, Mongolian University of Life Sciences, Ulaanbaatar, Mongolia
  • Bayarmagnai Davganyam School of Veterinary Medicine, Mongolian University of Life Sciences, Ulaanbaatar, Mongolia
  • Davaasuren Nergui School of Veterinary Medicine, Mongolian University of Life Sciences, Ulaanbaatar, Mongolia
  • Ariunaa Tserendorj School of Veterinary Medicine, Mongolian University of Life Sciences, Ulaanbaatar, Mongolia
  • Uyangaa Temuujin School of Veterinary Medicine, Mongolian University of Life Sciences, Ulaanbaatar, Mongolia
  • Chimedtseren Bayasgalan School of Veterinary Medicine, Mongolian University of Life Sciences, Ulaanbaatar, Mongolia
  • Nyamdavaa Guugandaa School of Veterinary Medicine, Mongolian University of Life Sciences, Ulaanbaatar, Mongolia
  • Tumenjargal Sharav School of Veterinary Medicine, Mongolian University of Life Sciences, Ulaanbaatar, Mongolia
  • Batsuuri Nantsag School of Veterinary Medicine, Mongolian University of Life Sciences, Ulaanbaatar, Mongolia
  • Tungalag Chultemdorj School of Veterinary Medicine, Mongolian University of Life Sciences, Ulaanbaatar, Mongolia
  • Erdene-Ochir Tseren- Ochir School of Veterinary Medicine, Mongolian University of Life Sciences, Ulaanbaatar, Mongolia
Keywords: migratory birds, surveillance, identify, subtype

Abstract

In avian influenza (AI) surveillance, total 686 (fecal n=682, swabs n = 4) samples of migratory birds were collected on August 2018 in Saikhan soum, Bulgan aimag, and these samples were analyzed by portable insulated isothermal (iiPCR) PCR in the field condition. Total of 137 pool of samples (each pool contains 4-6 samples)  were analyzed by iiPCR and 3 pools of sample were found positive. Total of 9 pool of samples were positive by virus isolation with embryonated egg inoculation and HA analysis and 4/9 were identified as an avian influenza and 5/9 were identified as a Paramyxovirus by RT-PCR analysis. After sequencing, H3 (n=3) and H2 (n=1) subtypes were determined. iiPCR positive 3 pools were confirmed by egg inoculation and HA analysis and it shows that this newly applied method was able to use to the surveillance of avian influenza due to usefulness and high sensitivity.

Шувууны томуугийн тандах судалгаанд зөөврийн полимеразын гинжин урвалыг ашигласан дүнгээс

Шувууны томуугийн тандах судалгаанд зөөврийн (insulated isothermal PCR (iiPCR)) ПГУ-ыг хээрийн нөхцөлд хэрэглэх боломжийг турших зориолгоор 2018 оны 8 сард Булган аймгийн Сайхан сум Хунт нуурны орчмоос цуглуулсан нийт 686 (сангас; n=682, арчдас; n=4) усны шувуудын дээжинд хээрийн нөхцөлд шинжилгээ хийж үр дүнг гаргав. Гарсан үр дүнг лабораторид үр хөврөлт өндгөнд өсгөвөрлөх, ЦНУ болон RT-PCR-р баталгаажуулж илэрсэн вирусын НА дэд хэвшлийг нуклеотидын дараалал тогтоох аргаар тодорхойлов. Хээрийн нөхцөлд 137 багц дээжинд (4-6 дээж = 1 багц) iiPCR-р хийсэн илрүүлэх шинжилгээгээр шувууны томуугийн вирусын генийн өвөрмөц хэсэг 3 багц дээжинд илрэв. Лабораторид вирус өсгөвөрлөх болон ЦНУ-р шинжлэхэд 9 багц дээж эерэг гарсанаас шувууны томуугийн вирус (n=4) болон шувууны парамиксовирус (n=5)-ын халдвар байгааг RT-PCR-р баталгаажуулж, гений дараалал тогтоох аргаар шувууны томуугийн H3 (n=3) болон  H2 (n=1) дэд хэвшил болохыг тодорхойлов. iiPCR-аар шувууны томуугийн вирусын генийн өвөрмөц хэсэг илэрсэн 3 багц дээжийн үр дүн лабораторийн шинжилгээний дүнгээр баталгаажсан нь энэхүү хэрэглэхэд хялбар, мэдрэг чанар өндөр, түргэвчилсэн  аргыг тандах судалгаанд хэрэглэх боломжтойг илтгэж байна.

Түлхүүр үг: нүүдлийн шувуу, тандалт, үүсгэгч илрүүлэх, дэд хэвшил

Downloads

Download data is not yet available.
Abstract
44
pdf
40
Published
2020-04-30
How to Cite
Otgontogtokh, N., Batmunkh, B., Davganyam, B., Nergui, D., Tserendorj, A., Temuujin, U., Bayasgalan, C., Guugandaa, N., Sharav, T., Nantsag, B., Chultemdorj, T., & Tseren- Ochir, E.-O. (2020). Preliminary result of insulated isothermal PCR (IIPCR) for avian influenza surveillance. Mongolian Journal of Agricultural Sciences, 29(1), 9-14. https://doi.org/10.5564/mjas.v29i1.1364
Section
Articles